باکتری‌های استارتر نقش مهمی در تولید پنیر دارند که از جمله می‌توان به رشد طعم و کنترل میکروارگانیسم‌های مضر اشاره کرد. کالچرهای مزوفیل از رایج‌ترین کالچرها هستند و برای بیش از 90% انواع پنیرها از جمله پنیر چدار استفاده می‌شوند.

استارتر کالچرهای مورد نیاز برای تولید پنیر چدار از مخلوط باکتری‌های مزوفیل و ترموفیل می‌باشد که عمدتا شامل باکتری‌های مزوفیل اسید لاکتیکی است که دردمای مطلوب بین 32-28 سانتیگراد رشد می‌کنند. برای این پنیر، تمامی استارتر کالچرها شامل یک یا بیش از یک سوش باکتری لاکتوکوکوس لاکتیس زیرگونه کرموریس یا لاکتوکوکوس لاکتیس زیرگونه لاکتیس  و باکتری ترموفیل استرپتوکوکوس سالیواریوس زیرگونه ترموفیلوس می‌شود. لاکتوکوکوس لاکتیس اسید‌ساز ترین سوش مورد استفاده در تولید پنیر است.

بر اساس خصوصیات میکروبیولوژیکی و بیوشیمیایی ، زیرگونه کرموریس از لاکتوکوکوس لاکتیس ها میکروارگانیسم ارجح برای تولید پنیر چدار است. سویه های مختلف کرموریس اکنون به طور گسترده ای در کالچر های مزوفیل تجاری استفاده می شود. با این حال ، کاربرد این استارترها در مقیاس صنعتی حساسیت آنها به باکتریوفاژهایی را که به طور طبیعی در شیر وجود دارند را برجسته کرده است. تاکنون، آلودگی های فاژی شایعترین علت اختلال در تخمیر شیر هستند.

کالچر های مزوفیل برای پنیرهای چدار عمدتا به دو گروه تعریف شده یا مخلوط تقسیم می شوند. 

بیشتر استارترهای تعریف شده از ترکیبی از دو یا سه سویه کاملاً مشخص کرموریس هستند. این سویه ها در حالت ایده آل شباهت فاژی ندارند (توسط همان سوش های فاژی یکسان مورد حمله قرار نمی گیرند) تا از لیز شدن احتمالی استارتر و مشکلات بعدی تخمیر جلوگیری کنند. کدهای جایگزین استارترهای تعریف شده نیز برای جلوگیری از حمله فاژی استفاده می شوند. 

استارترهای مخلوط از تعداد و نسبت های تعریف نشده سویه های لاکتیس تشکیل شده است که باعث می شود کمتر در معرض شکست کامل تخمیر قرار بگیرند. برخی از استارترهای مخلوط حتی ممکن است حاوی فاژهایی باشند که با سویه های باکتریایی همزیستی دارند. با این وجود ، در شرایط تولید مکانیزه پنیر ، این کالچر ها کمتر قابل پیش بینی هستند و کنترل آنها دشوارتر است. در کانادا ، بسیاری از انواع پنیرهای چدار قدیمی هنوز با کشتهای مختلف مخلوط می شوند ، زیرا کالچرهای تعریف شده نتوانسته اند عطر و طعم و کیفیت مورد انتظار را ارائه دهند.

هنگامی که یک سویه مورد استفاده در یک استارتر تعریف شده نسبت به فاژ خاصی حساس شناخته شود ، اولویت جایگزینی آن با یک سویه غیر مرتبط با فاژ یا یک سویه مقاوم در برابر فاژ است. حذف سویه های حساس به فاژ از استارترهای مخلوط تقریباً غیرممکن است. بنابراین ، میکروبیولوژیست های لبنی در جستجوی دسترسی آسان به  سویه های مشخص کرموریس هستند تا کارایی طولانی مدت کالچرهای لبنی را تضمین کنند. همانطور که توسط بسیاری از دانشمندان بیان شده است ، سویه های کرموریس غیر وابسته به فاژ برای صنایع لبنی بسیار محدوداند. افزوده شدن به تعداد چنین سویه هایی در توسعه استارترهای مزوفیل جدید مورد استقبال قرار می گیرد. متأسفانه ، سویه های کرموریس بندرت در طبیعت یافت می شوند ، در حالی که لاکتوکوکوس لاکتیس زیرگونه لاکتیس اغلب از نمونه های طبیعی مانند گیاهان سبز جدا شده اند.

برخی سویه‌های لاکتوباسیلوس هلوتیکوس به عنوان کالچر اضافه شده یا کمکی و همینطور از لاکتوباسیلوس کازئی و لاکتوباسیلوس رامنوسوس در این پنیر استفاده می‌شود. به عنوان کالچرهای کمکی، انها قادر به تولید اسید نیستند؛ بلکه به دلیل توانایی تولید و گسترش طعم‌های مطلوب مورد استفاده قرار می‌گیرند. استارتر پنیر چدار ترجیحا حاوی باکتری‌های تولیدکننده کربن دی اکسید، نمی‌باشد؛ زیرا این باکتری‌ها موجب ایجاد چشم‌های ناخواسته و یا شکافت‌هایی در پنیر می‌شوند.

عوامل دخیل در ایجاد طعم  پنیر چدار شامل ترکیبات کربنیل ، نیتروژنی و گوگردی، اسیدهای چرب ، الکل ها ، نمک و میزان آب است . برخی از این ترکیبات ، به صورت جداگانه و یا به صورت مخلوط ، به لخته پنیر اضافه شده اند تا طعم چدار را بهبود بخشند. شرایط شیر ، دمای رسیدن و میکرو فلور پنیر از دیگر عوامل موثر طعم و آروما چدار هستند.

  تغییر ماتریکس چربی و پروتئین، عطر و طعم پنیر را تحت تاثیر بیشتری قرار می‌دهد.  به عنوان مثال، ایجاد طعم و بافت در پنیر چدار عمدتا به تجزیه پرتئین و کمتر به تجزیه چربی بستگی دارد. همچنین در راستای از بین بردن چربی، به دلیل محتوای پروتئین بالا،  بافت پنیر محکم‌تر و لاستیکی تر می شود. لذا استفاده از لاکتوباسیلوس‌‌‌‌  ها که فعالیت پروتئولیتیکی بیشتری نسبت به گونه‌های لاکتوکوکوس واسترپتوکوکوس ترموفیلوس هستند، برای دستیابی به عطر و طعم بهتر توصیه می شود. لاکتوباسیلوس کازئی ، احتمالاً از طریق فعالیت های لیپولیتیک و پروتئولیتیکی به عطر و طعم چدار کمک می کند. این ارگانیسم ممکن است اسیدهای آمینه را تخریب کرده و تولید آمونیاک کند. اعتقاد بر این است که Lactobacillus plantarum ، Lactobaeillus brevis ، Lactobacillus helveticus و Lactobacillus laetis ، در برخی موارد ، به ایجاد عطر و طعم چدار کمک می کند اما باید توجه داشت که برخی از سویه های این ارگانیسم ها و سایر لاکتوباسیل ها ممکن است به طعم های نامطبوع در پنیر منجر شوند.